每年7月下旬到9月下旬，在大堡礁北面熱帶的水域會出現三種鯨魚，它們那時正從南極水域游到暖和的熱帶水域進行交配和生小鯨魚。我們會遇見小鬚鯨，布氏鯨和大翅鯨。

小鬚鯨是它們之中體積最小的，分普通小鬚鯨和侏儒小鬚鯨兩種，剛出生的小鬚 鯨長2米，以魚和磷蝦為食糧，之後最多只能生長到8米長。它們非常友善和好奇，游泳速度趕得上船隻，因此浮潛和潛水人士可以長時間與它們為伴。一般以為鯨魚是獨居的哺乳類動物，其實它們總會結隊成群，三五知己一起活動。但很不幸地，它們在夏季月份仍然逃不過日本那些以科學研究為名的捕鯨者的獵殺。

雖然布氏鯨長年都在大堡礁出沒，但它們比較罕見。它們是住在暖水裡的品種，有別於大多數喜歡住在較冷的極地水域的鯨魚。因為體積的關係，它們常被認錯為大翅鯨。它們跟大翅鯨一樣，牙齒被像刷子似的鯨鬚代替了，用來過濾食物。

大翅鯨是最受歡迎的而且應該是最常見的，有些日子我們會在旅程中看到兩三對或單獨的大翅鯨。很經常會見到大翅鯨躍身擊浪，它們躍出水面後墬下，濺起巨大的水花。同時你會看到他們在拍打那長長的胸鰭，或者在玩間諜遊戲，雙眼保持在水面上監察你們和周圍的事物。幸運的話，你會看到鯨魚媽媽教她的小朋友這些技巧。只有雄性鯨魚會在交配的季節唱出幽怨的歌聲，而它們的歌聲可在水裡傳至50公里遠。